Ribogospod. nauka Ukr., 2014; 2(28): 69-78
DOI: https://doi.org/10.15407/fsu2014.02.069
УДК 597-12:576.85.08

pdf35

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА YERSINIA RUCKERI

Ю. П. Рудь, Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. , Институт рыбного хозяйства НААН, г. Киев
И. O. Цыганок, Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. , ННЦ Институт биологии, Киевский национальный университет им. Т. Г.  Шевченка, г. Киев

Цель. Проанализировать нуклеотидные последовательности гена 16S рРНК вирулентных штаммов Yersinia ruckeri и разработать метод молекулярной экспресс-диагностики возбудителя иерсиниоза.

Методика. С помощью алгоритма ClustalW в программном обеспечении MEGA версии 6.0 были проанализированы нуклеотидные последовательности гена 16S рРНК вирулентных штаммов Y. ruckeri. Для разработки молекулярной экспресс-диагностики Y. ruckeri использовали метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). Подбор олигонуклеотидных праймеров осуществляли в программном обеспечении VectorNTI11 и на онлайн-сервисе BLAST. Продукты амплификации были исследованные с помощью методов секвенирования и анализа нуклеотидных последовательностей.

Результаты. На основе ПЦР разработан метод молекулярной экспресс-диагностики возбудителя иерсиниоза, бактерии Y. ruckeri. Показано, что специфические олигонуклеотидные праймеры продуцируют ампликоны размером 600 пар нуклеотидов. Продукты ПЦР исследовано секвенированием и показано, что праймеры фланкируют участок мишени амплификации.

Научная новизна. В пределах высококонсервативного гена 16S рРНК бактерий Yersinia выделен локус ДНК, к которому подобрано олигонуклеотидные праймеры для экспресс-диагностики вирулентного штамма Y. ruckeri.

Практическая значимость. Экспресс-диагностика иерсиниоза позволит идентифицировать возбудителя этого инфекционного заболевания, ― бактерию Y. ruckeri ― и осуществлять профилактические или лечебные мероприятия в рыбохозяйственных предприятиях Украины.

Ключевые слова: Y. ruckeri, экспресс-диагностика, ПЦР.

ЛИТЕРАТУРА

1. Rucker R. Redmouth disease of rainbow trout (Salmo gairdneri) / R. Rucker // Bulletin de L′ Office International des Epizooties. — 1966. — Vol. 65. — P. 825—830.
2. Akhlaghi M. Detection and identification of virulent Yersinia ruckeri: the causative agent of enteric redmouth disease in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) cultured in Fars province, Iran / M. Akhlaghi, H. Sharifi Yazdi // Iranian Journal of Veterinary Research. — 2008. — Vol. 9. — P. 347—352.
3. Bravo S. First isolation of Yersinia ruckeri from rainbow trout (Oncorhychus mykiss) in Peru / S. Bravo, V. Kojagura // Bulletin of European Association of Fish Pathologists. — 2004. — Vol. 24. — P. 104—108.
4. Karatas S. Enteric red mouth disease in cultured rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) on the Black Sea coast of Turkey / S. Karatas, A. Candan, D. Demircan // The Isreali Journal of Aquaculture — Bamidgeh. — 2004. — Vol. 56. — P. 226—231.
5. Occurrence of enteric redmouth disease in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) on farms in Croatia / D. Oraic, S. Zrncic, B. Sostaric [et al.] // Acta Veterinaria Hungarica. — 2002. — Vol. 50. — P. 282—291. http://dx.doi.org/10.1556/AVet.50.2002.3.4
6. First description of Yersinia ruckeri serotype O2 in Spain / J. Romalde, E. Planas, J. M. Sotelo [et al.] // Bulletin of European Association of Fish Pathologists. — 2003. — Vol. 23. — P. 135—138.
7. Molecular characterization of Portuguese strains of Yersinia ruckeri isolated from fish culture systems / J.A. Sousa, B. Magarinos, J. C. Eiras [et al.] // Journal of Fish Diseases — 2001. — Vol. 24. — P. 151—159. http://dx.doi.org/10.1046/j.1365-2761.2001.00281.x
8. Yersinia ruckeri infections in salmonid fish / E. Tobback, A. Decostere, K. Hermans [et al.] // Journal of Fish Diseases. — 2007. — Vol. 30. — P. 257—268. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2761.2007.00816.x
9. Austin D. A. Recovery of a new biogroup of Yersinia ruckeri from diseased rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) / D. A. Austin, P. A. W. Robertson, B. Austin // Systematic and Applied Microbiology. — 2003. — Vol. 26. — P. 127—131. http://dx.doi.org/10.1078/072320203322337416
10. Altinok I. Effects of salinity on Yersinia ruckeri infection of rainbow trout and brown trout // I. Altinok, J. M. Grizzle // Journal of Aquatic Animal Health. — 2001. — Vol. 13. — P. 334—339. http://dx.doi.org/10.1577/1548-8667(2001)013<0334:eosoyr>2.0.CO;2
11. Adhesion of Yersinia ruckeri to fish farm materials: influence of cell and material surface properties / L. Coquet, P. Cosette, G. A. Junter [et al.] // Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. — 2002. — Vol. 26. — P. 373—378. http://dx.doi.org/10.1016/S0927-7765(02)00023-1
12. Altinok I. The infectious route of Yersinia ruckeri is affected by salinity // I. Altinok // Bulletin of the European Association of Fish Pathologists. — 2004. — Vol. 24. — P. 253—259.
13. Horne M. T. Enteric redmouth disease (Yersinia ruckeri) / M. T. Horne, A. C. Barnes // Fish diseases and disorders-viral, bacterial and fungal infections. [Woo P.T.K., Bruno D.W. Eds.]. — 1999. — Vol. 3. — P. 455—477.
14. PCR-based detection of Yersinia ruckeri infection in rainbow trout fish / M. R. Roozbahani, M. Bandehpour, A. Haghighi-Khiabanian-Asi [et al.] // Asian Journal of Animal and Veterinary Advances. — 2009. — Vol. 4. — P. 258—262.
15. Glenn R. A. The use of a real-time PCR primer/probe set to observe infectivity of Yersinia ruckeri in Chinook salmon, Oncorhynchus tshawytscha (Walbaum), and steelhead trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum) / R. A. Glenn, P. W. Taylor, K. C. Hanson // Journal of Fish Diseases. — 2001. — Vol. 34. — P. 783—791. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2761.2011.01294.x
16. Molecular identification of Yersinia ruckeri isolates by polymerase chain reaction test in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss / F. Fadaeifard, A. Sharifzadeh, M. Raissy [et al.] // European Journal of Experimental Biology. — 2014. — Vol. 4(1). — P. 1—4.
17. Fernandez L. Identification of specific in vivo-induced (ivi) genes in Yersinia ruckeri and analysis of ruckerbactin, a catecholate siderophore iron acquisition system / L. Fernandez, I. Marquez, J. A. Guijarro // Applied and Environmental Microbiology. — 2004. — Vol. 70. — P. 5199—5207. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.70.9.5199-5207.2004
18. Identification of novel rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) chemokines, CXCd1 and CXCd2: mRNA expression after Yersinia ruckeri vaccination and challenge / G. D. Wiens, G. W. Glenney, S. E. LaPatra [et al.] // Immunogenetics. — 2006. — Vol. 58. — P. 308—323. http://dx.doi.org/10.1007/s00251-006-0084-7
19. Identification of flagellar motility genes in Yersinia ruckeri by transposon mutagenesis / J. P. Evenhuis, S. E. LaPatra, D. W. Verner-Jeffreys [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. — 2009. — Vol. 75. — P. 6630—6633. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.01415-09
20. Рудь Ю. П. Використання мультиплексної полімеразної ланцюгової реакції в експрес діагностиці інфекційних захворювань риб / Ю. П. Рудь, Л. В. Жук, І. Б. Владимирський // Рибогосподарська наука України. — 2012. — №. 3-4. — С. 59—62.
21. Avci H. Pathological findings in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) experimentally infected with Yersinia ruckeri / H. Avci, S. S. Birincioglu // Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences. — 2005. — Vol. 29. —
P. 1321—1328.
22. Revell P. A. Yersinia virulence: more than a plasmid / P. A. Revell, V. L. Miller // FEMS Microbiology Letters. — 2001. — Vol. 205. — P. 159—164. http://dx.doi.org/10.1111/j.1574-6968.2001.tb10941.x 
23. Enhanced resistance of rainbow trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum), against Yersinia ruckeri challenge following oral administration of Bacillus subtilis and B. licheniformis (BioPlus2B) / M. K. Raida, J. L. Larsen, M. E. Nielsen [et al.] // Journal of Fish Diseases. — 2003. — Vol. 26. — P. 495—498. http://dx.doi.org/10.1046/j.1365-2761.2003.00480.x
24. Kim D. H. Innate immune responses in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) induced by probiotics / D. H. Kim, B. Austin // Fish and Shellfish Immunology. — 2006. — Vol. 21. — P. 513—524. http://dx.doi.org/10.1016/j.fsi.2006.02.007
25. Potential use of a Yersinia ruckeri O1 auxotrophic aroA mutant as a live attenuated vaccine / A. Temprano, J. Riano, J. Yugueros [et al.] // Journal of Fish Diseases. — 2005. — Vol. 28. — P. 419—427. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2761.2005.00646.x